和第８帝国军战争(前作)已经过了半年。有一天，从位于遥远的海洋另一边，帕鲁迪亚大陆的索席耶堤博物馆，透过其位于帕南姆城的分部提出了希望能邀请该地最强的冒险家过来这个要求。玛格、莉妮亚、葛雷，青因（硬要跟来的）等４人，受到请托，就这幺坐上了来往大陆间铁道的列车，往帕鲁迪亚大陆而去。途中受到了觊嵛索席耶堤挖掘品的盗贼团红狼及其头目卡尔卡诺的袭撃，还好击败他之后平安地到达谬杰比鲁。玛格等人见过了索席耶堤首席白发老头之后，又受到他的请托，要去调查遗迹。即将展开新冒险的玛格们。但他们的身边正渐渐地出现变化，这只是一场单纯的冒险，还是一场危机之旅呢？。玛格及莉妮亚的面前，出现了幻影般的谜样少年尤鲁加。似乎知道莉妮亚真正身分的他究竟是什么人？玛格这场冒险的目的地又是何处？《EVOLUTION》一代中未解之谜，即将揭晓。系统《神机世界2》是以南方大陆都市谬杰比鲁据点，探索分散在各处遗迹的RPG
游戏。遗迹及训练地牢等冒险的地方，一次可以1组3人共同前往，当解开一个先史遗迹之谜后，就会演出一段精彩动画，休息后的冒险伙伴们就会展开另依段冒险的旅
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